Diviso in due parti, il romanzo si apre con una complessa discussione sull'esistenza di Dio; protagonisti della diatriba sono Berlioz, direttore di un'importante rivista letteraria, e il forestiero Wooland. Lo scenario è quello di un caldo tramonto primaverile nella Mosca della prima metà del secolo scorso. Esperto di magia nera, il misterioso Wooland rivela sin da principio la sua strana esistenza, affermando di aver assistito in prima persona al processo di Gesù. E' proprio quest'avvenimento storico a divenire un romanzo nel romanzo, scorrendo parallelo per tutta la narrazione: la storia di Ponzio Pilato scritta per mano di un autore denigrato dalla critica e perdutamente innamorato di una donna. Ben presto appare chiaro che il diavolo in persona è giunto a Mosca e un poeta, Ivan Nikolaevic, è testimone del suo arrivo: il maligno si cela infatti sotto le spoglie di Wooland, accompagnato nelle sue malefatte truffaldine dai suoi assistenti, creature in bilico tra l'essere umano e l'animale: Behemoth, Fagotto e Azazello. Ivan Nikolaevic è deciso a smascherare e a denunciare il maligno ma, ritenuto pazzo, viene internato in un ospedale psichiatrico. Qui incontra l'autore della storia di Pilato il quale afferma di non possedere più un nome e di farsi chiamare semplicemente "Maestro". La seconda parte del romanzo è dedicata alla donna amata dal Maestro, Margherita Nikolaevna, alla ricerca del suo amato scomparso. Adescata grazie ad alcuni tranelli messi in opera da Wooland, Margherita diviene inconsapevolmente una strega; riesce però a vendicare l'onore del suo innamorato e, dopo aver preso parte a una festa demoniaca divenendone regina, ottiene il privilegio di ritrovare il suo Maestro e di ricominciare con lui la vita. Sparito Wooland da Mosca, le autorità non riescono a chiarire le dinamiche dei giorni trascorsi; l'unico testimone consapevole degli accaduti sarà Ivan, condannato a sognare il dramma di Pilato a ogni plenilunio.